这是是最常见的原因。发作生化妊娠的胚胎中95%为非正倍体，如X、Y、18、13、21等三体征。可是，跟着流产次数的增多，胚胎染色体反常所占的份额会越来越低。
内排泄失调
这个比较常见的是多囊卵巢综合征患者，这类患者的内排泄环境不利于前期胚胎发育，影响受精卵的正常着床。
子宫内膜容受性下降
子宫内膜异位、内膜息肉、黏膜下肌瘤、内膜炎症等问题导致受精卵不能着床。
免疫系统紊乱
免疫系统紊乱的女人，体内发生对立受精卵的抗体，简单导致受精卵着床失利。免疫紊乱所占的份额，会跟着流产次数的添加而上升，是习惯性流产的主要原因之一。
